Natknąłem się na ten sam problem, co opisany wto pytanie. Ponadto nie chciałem stracić tabeli __migrationHistory z bazy danych.

Wypróbowałem go z sugerowanym rozwiązaniem użycia jednego „super” kontekstu, który zawiera wszystkie DbSet <> i używa normalnych kontekstów, ale dostałem błąd. („Zmiana modelu DbContext została zmieniona”) Jest to łatwe do uniknięcia, jeśli po prostu zabijesz tabelę __migrationHistory z serwera SQL, ale jak powiedziałem, chcę zachować historię.

Znalazłem proste i łatwe rozwiązanie, zobacz moją odpowiedź poniżej.