Me tropecé con el mismo problema que se describe enesta pregunta. Además, no quería perder la tabla __migrationHistory de la base de datos.

Lo intenté con la Solución sugerida de usar un contexto "super" que contenga todos los DbSet <> s y usar los Contextos normales, pero obtuve un error. ("El respaldo del modelo DbContext ha sido cambiado") Esto se puede evitar fácilmente si simplemente elimina la tabla __migrationHistory del servidor SQL, pero como dije, quiero mantener el historial.

Encontré una solución simple y fácil, vea mi respuesta a continuación.