Mam ramkę danych zawierającą stawki za leczenie na żywo i stawki za zabite zabiegi. Chciałbym odjąć zabite zabiegi od żywych:

df <- data.frame(id1=gl(2, 3, labels=c("a", "b")),
                 id2=rep(gl(3, 1, labels=c("live1", "live2", "killed")), 2), 
                 y=c(10, 10, 1, 12, 12, 2),
                 otherFactor = gl(3, 2))

Chciałbym odjąć wartościy dla któregoid2=="killed" ze wszystkich pozostałych wartościy, oddzielone poziomami id1, zachowującotherFactor. Skończyłbym z

id1    id2   y otherFactor
  a  live1   9           1
  a  live2   9           1
  b  live1  10           2
  b  live2  10           3

To prawie działa:

df_minusKill <- ddply(df, .(id1), function(x) x$y[x$id2!="killed"] - x$y[x$id2=="killed"])
names(df_minusKill) <- c("id1", "live1", "live2")
df_minusKill_melt <- melt(df_minusKill, measure.var=c("live1", "live2"))

poza tym, że tracisz wartości otherFactor. Może mógłbym użyćmerge umieścić wartościotherFactor wracam, ale w rzeczywistości mam około tuzina kolumn „otherFactor”, więc byłoby mniej kłopotliwe, żeby je tam po prostu przechowywać.