Próbowałem to zrobić za pomocą następnego kodu:

using Microsoft.Office.Core;
using PowerPoint = Microsoft.Office.Interop.PowerPoint;
using System.IO;
using Microsoft.Office.Interop.PowerPoint;

namespace SavePPT
{
        class Program
        {
            static void Main(string[] args)
            {
                Application app = new PowerPoint.Application();
                var pres = app.Presentations;
                var file = pres.Open(@"C:\Presentation1.pptx", MsoTriState.msoTrue, MsoTriState.msoTrue, MsoTriState.msoFalse);
                file.SaveCopyAs(@"C:\presentation1.wmv", PowerPoint.PpSaveAsFileType.ppSaveAsWMV, MsoTriState.msoCTrue);

                app.Quit();

            }
        }
}

Ale to rozwiązanie stworzyło plik o rozmiarze 0 KB i oczywiście nie mogę go odtworzyć.