Po uruchomieniu kilku modeli muszę uruchomićsystem() polecenie na moim skrypcie R, aby zamknąć moją instancję EC2, ale kiedy dojdę do tego punktu, otrzymuję:

cannot popen 'ls', probable reason 'Cannot allocate memory'

Uwaga: dla tego pytania próbowałem nawetls co nie zadziałało

Przepływ mojego skryptu jest następujący

Załaduj model (około 2 GB)Kopiuj dokumenty i pisz do bazy danych MySQL

Powyższe kroki są powtarzane około 20 razy w różnych modelach o średniej wielkości 2 GB każdy

Zakończ instancję

W tym momencie muszę zadzwonićsystem("sudo shutdown -h now") i nic się nie dzieje, ale kiedy próbujęsystem("sudo shutdown -h now",intern=TRUE) Dostaję błąd przydziału.

próbowałemrm() dla wszystkich moich obiektów tuż przed wywołaniem zamknięcia, ale ten sam błąd nadal występuje.

Oto niektóre dane w moim systemie, które sąduża instancja EC2 Ubuntu

R version 2.15.1 (2012-06-22)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)

locale:
 [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8       LC_NUMERIC=C              
 [3] LC_TIME=en_US.UTF-8        LC_COLLATE=en_US.UTF-8    
 [5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8    LC_MESSAGES=en_US.UTF-8   
 [7] LC_PAPER=C                 LC_NAME=C                 
 [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C            
[11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       

attached base packages:
[1] splines   stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods  
[8] base     

other attached packages:
 [1] RTextTools_1.3.9   tau_0.0-15         glmnet_1.8         Matrix_1.0-6      
 [5] lattice_0.20-10    maxent_1.3.2       Rcpp_0.9.13        caTools_1.13      
 [9] bitops_1.0-4.1     ipred_0.8-13       prodlim_1.3.2      KernSmooth_2.23-8 
[13] survival_2.36-14   mlbench_2.1-1      MASS_7.3-21        rpart_3.1-54      
[17] e1071_1.6-1        class_7.3-4        tm_0.5-7.3         nnet_7.3-4        
[21] tree_1.0-31        randomForest_4.6-6 SparseM_0.96       RMySQL_0.9-3      
[25] ggplot2_0.9.1      DBI_0.2-5         

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] colorspace_1.1-2   dichromat_1.2-4    digest_0.5.2       grid_2.15.1       
 [5] labeling_0.2       memoise_0.1        munsell_0.3        plyr_1.7.1        
 [9] proto_0.3-9.2      RColorBrewer_1.0-5 reshape2_1.2.1     scales_0.2.1      
[13] slam_0.1-25        stringr_0.6.1    

Zwraca gc ()

          used (Mb) gc trigger   (Mb)  max used   (Mb)
Ncells 1143171 61.1    5234604  279.6   5268036  281.4
Vcells 1055057  8.1  465891772 3554.5 767962930 5859.1

Zauważyłem, że jeśli uruchomię tylko 1 model zamiast 20, to działa dobrze, więc może być tak, że pamięć nie jest wolna po każdym uruchomieniu, chociaż zrobiłem torm() używane przedmioty

Zauważyłem też, że jeśli zamknę R i uruchomię go ponownie, a następnie zadzwonięsystem() to działa. Jeśli istnieje sposób na ponowne uruchomienie R w R, może mogę dodać to do mojegoscript.sh pływ.

Byłby to odpowiedni sposób na oczyszczenie wszystkich moich obiektów i zwolnienie pamięci dla każdej pętli, więc kiedy muszę zadzwonić dosystem() komendy nie ma problemu z pamięcią?

Każda wskazówka we właściwym kierunku zostanie bardzo doceniona! Dzięki