После запуска нескольких моделей мне нужно запуститьsystem() Команда в моем R-скрипте отключает мой экземпляр EC2, но когда я добираюсь до этой точки, я получаю:

cannot popen 'ls', probable reason 'Cannot allocate memory'

Примечание: по этому вопросу я даже пыталсяls который не работал

Поток моего сценария следующий

Load Model (about 2GB) Mine documents and write to a MySQL database

Вышеуказанные шаги повторяются около 20 раз для разных моделей со средним размером 2 ГБ каждая

Terminate the instance

На данный момент, когда мне нужно позвонитьsystem("sudo shutdown -h now") и ничего не происходит, но когда я пытаюсьsystem("sudo shutdown -h now",intern=TRUE) Я получаю ошибку распределения.

Я старалсяrm() для всех моих объектов непосредственно перед вызовом shutdown, но сохраняется та же ошибка.

Вот некоторые данные о моей системе, которая являетсяlarge EC2 Ubuntu instance

R version 2.15.1 (2012-06-22)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)

locale:
 [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8       LC_NUMERIC=C              
 [3] LC_TIME=en_US.UTF-8        LC_COLLATE=en_US.UTF-8    
 [5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8    LC_MESSAGES=en_US.UTF-8   
 [7] LC_PAPER=C                 LC_NAME=C                 
 [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C            
[11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       

attached base packages:
[1] splines   stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods  
[8] base     

other attached packages:
 [1] RTextTools_1.3.9   tau_0.0-15         glmnet_1.8         Matrix_1.0-6      
 [5] lattice_0.20-10    maxent_1.3.2       Rcpp_0.9.13        caTools_1.13      
 [9] bitops_1.0-4.1     ipred_0.8-13       prodlim_1.3.2      KernSmooth_2.23-8 
[13] survival_2.36-14   mlbench_2.1-1      MASS_7.3-21        rpart_3.1-54      
[17] e1071_1.6-1        class_7.3-4        tm_0.5-7.3         nnet_7.3-4        
[21] tree_1.0-31        randomForest_4.6-6 SparseM_0.96       RMySQL_0.9-3      
[25] ggplot2_0.9.1      DBI_0.2-5         

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] colorspace_1.1-2   dichromat_1.2-4    digest_0.5.2       grid_2.15.1       
 [5] labeling_0.2       memoise_0.1        munsell_0.3        plyr_1.7.1        
 [9] proto_0.3-9.2      RColorBrewer_1.0-5 reshape2_1.2.1     scales_0.2.1      
[13] slam_0.1-25        stringr_0.6.1    

gc () возвращает

          used (Mb) gc trigger   (Mb)  max used   (Mb)
Ncells 1143171 61.1    5234604  279.6   5268036  281.4
Vcells 1055057  8.1  465891772 3554.5 767962930 5859.1

Я заметил, что если я запускаю только 1 модель вместо 20, она работает нормально, поэтому может случиться так, что память не освобождается после каждого запуска, хотя я сделалrm() используемые объекты

Я также заметил, что если я закрою R и перезапустить его, а затем вызватьsystem() оно работает. Если есть способ перезапустить R в R, то, возможно, я могу добавить это к моемуscript.sh течь.

Что было бы подходящим способом очистки всех моих объектов и освобождения памяти для каждого цикла, поэтому, когда мне нужно вызватьsystem() У команд нет проблем с памятью?

Любой совет в правильном направлении будет высоко ценится! Спасибо