Przede wszystkim muszę przyznać, że jestem bardzo nowy w knitrze i koncepcji powtarzalnej analizy, ale widzę jego potencjał w ulepszaniu mojego obecnego przepływu pracy (który obejmuje wiele wklejania kopii do dokumentów słownych).

Często muszę tworzyć wiele raportów według grupy (w tym przykładzie w szpitalu), aw każdym szpitalu może być wiele różnych oddziałów, na których raportuję wynik. Poprzednio uruchamiałem wszystkie moje wykresy i analizy w R za pomocą pętli, a następnie rozpoczęto pracę kopiowania / wklejania; jednak po przeczytaniu tego posta (Czy Sweave może produkować wiele plików PDF automatycznie?), i dało mi nadzieję, że będę w stanie pominąć wiele kroków i przejść prosto z R, aby zgłosić się przez Rnw / knitr.

Jednak po wypróbowaniu widzę, że jest coś, co nie działa (ponieważ środowisko R w Rnw nie wydaje się rozpoznawać zmiennych pętlowych, które próbuję przekazać ??).

   ##  make my data
Hospital <- c(rep("A", 20), rep("B", 20))
Ward <- rep(c(rep("ICU", 10), rep("Medicine", 10)), 2)
Month <- rep(seq(1:10), 4)
Outcomes <- rnorm(40, 20, 5)
df <- data.frame(Hospital, Ward, Month, Outcomes)


##  Here is my current work flow-- produce all plots, but export as png and cut/paste
for(hosp in unique(df$Hospital)){
  subgroup <- df[ df$Hospital == hosp,]
  for(ward in unique(subgroup$Ward)){
    subgroup2 <- subgroup[subgroup$Ward == ward,]
    savename <- paste(hosp, ward)
    plot(subgroup2$Month, subgroup2$Outcomes, type="o", main=paste("Trend plot for", savename))
  }
}
# followed by much copy/pasting


##  Here is what I'm trying to go for using knitr 
library(knitr)
for (hosp in unique(df$Hospital)){
  knit("C:file.path\\testing_loops.Rnw", output=paste('report_', Hospital, '.tex', sep=""))
}

## With the following *Rnw file
## start *.Rnw Code
\documentclass[10pt]{article}
\usepackage[margin=1.15 in]{geometry}
<<loaddata, echo=FALSE, message=FALSE>>=
  Hospital <- c(rep("A", 20), rep("B", 20))
Ward <- rep(c(rep("ICU", 10), rep("Medicine", 10)), 2)
Month <- rep(seq(1:10), 4)
Outcomes <- rnorm(40, 20, 5)
df <- data.frame(Hospital, Ward, Month, Outcomes)
subgroup <- df[ df$Hospital == hosp,]
@

\begin{document}
<<setup, echo=FALSE >>=
  opts_chunk$set(fig.path = paste("test", hosp , sep=""))
@

Some infomative text about hospital \Sexpr{hosp}

<<plots, echo=FALSE >>=
  for(ward in unique(subgroup$Ward)){
    subgroup2 <- subgroup[subgroup$Ward == ward,]
    #     subgroup2 <- subgroup2[ order(subgroup2$Month),]
    savename <- paste(hosp, ward)
    plot(subgroup2$Month, subgroup2$Outcomes, type="o", main=paste("Trend plot for", savename))
  }
@
\end{document}


##  To be then turned into pdf with this
tools::texi2pdf("C:file.path\\report_A.tex", clean = TRUE, quiet = TRUE)

Po próbie uruchomienia fragmentu kodu knit () pojawia się ten błąd:

Error in file(con, "w") : invalid 'description' argument

A kiedy zaglądam do katalogu, w którym ma zostać utworzony plik * .tex, widzę 2 wykresy pdf ze szpitala A (brak dla B) i nie ma specyficznego dla szpitala pliku * .tex, który można połączyć w plik pdf. Z góry dziękujemy za wszelką pomoc, jaką możesz zaoferować!