Jestem całkiem nowy w R i utknąłem na pytaniu. Czy byłoby możliwe wydrukowanie mapy cieplnej na wierzchołku wiGraph? Wiem, że mogę zrobić kolorowy kwadrat lub koło. Ale czy możliwa byłaby mała mapa ciepła? Oto kod, który rysuje mój obecny wykres:

    # create graph
graph <- graph.data.frame(network[,1:2])
vertex_names <- get.vertex.attribute(graph,"name")


# define node attributes
V(graph)$label.font <- 1
V(graph)$label.font[which(element_types[vertex_names,"type"]=="PRIMARIES")] <- 2
V(graph)$label.font[which(element_types[vertex_names,"type"]=="REACTION")] <- 2

V(graph)$label <- element_types[vertex_names,"label"]
V(graph)$color <- element_types[vertex_names,"color"]
V(graph)$size <- as.integer(element_types[vertex_names,"size"]*20)
V(graph)$label.cex <- element_types[vertex_names,"weight"]

V(graph)$frame.color <- "gray"
V(graph)$frame.color[which(element_types[vertex_names,"type"]=="PRIMARIES")] <- "white"
V(graph)$frame.color[which(element_types[vertex_names,"type"]=="PATHWAY")] <- "white"
V(graph)$frame.color[which(element_types[vertex_names,"type"]=="PRODUCTS")] <- "white"
V(graph)$frame.width <- 10

V(graph)$shape <- "square"
V(graph)$shape[which(element_types[vertex_names,"type"]=="REACTION")] <- "circle"

V(graph)$label.color <- "black"
V(graph)$label.color[which(element_types[vertex_names,"type"]=="PRIMARIES")] <- "darkred"
V(graph)$label.color[which(element_types[vertex_names,"type"]=="PATHWAY")] <- "darkgreen"
V(graph)$label.color[which(element_types[vertex_names,"type"]=="REACTION")] <- "darkorange3"

E(graph)$color <- "red"
E(graph)$color[which(network[,3]=="out")] <- "blue"
E(graph)$color[which(network[,3]=="external")] <- "darkgreen"
E(graph)$arrow.size <- 0.5

layout <- layout.auto(graph)
plot.igraph(graph,layout=layout,main=pathways[pathway_id,"COMMON-NAME"])

Ponadto mam na liście matryce, które można narysować w mapie cieplnej. Te macierze wyglądają tak:

[[1]]
     TotalSNP HighSNP ModerateSNP PromotorSNP
[1,]        1       0           0           1
[2,]        3       0           2           1
[3,]        5       0           2           3
[4,]        1       0           0           1
[5,]        7       0           4           3
[6,]        3       0           3           0
[7,]        4       0           1           3
[8,]        3       0           2           1

[[2]]
     TotalSNP HighSNP ModerateSNP PromotorSNP
[1,]        3       0           1           2
[2,]        0       0           0           0

[[3]]
     TotalSNP HighSNP ModerateSNP PromotorSNP
[1,]        0       0           0           0
[2,]        0       0           0           0

Czy ktoś wie, czy możliwe jest narysowanie tych macierzy jako map ciepła na wierzchołku?

Przykładowe dane:

    FinalList <- list(structure(c(1, 3, 5, 1, 7, 3, 4, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 
0, 0, 2, 2, 0, 4, 3, 1, 2, 1, 1, 3, 1, 3, 0, 3, 1), .Dim = c(8L, 
4L), .Dimnames = list(NULL, c("TotalSNP", "HighSNP", "ModerateSNP", 
"PromotorSNP"))), structure(c(3, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0), .Dim = c(2L, 
4L), .Dimnames = list(NULL, c("TotalSNP", "HighSNP", "ModerateSNP", 
"PromotorSNP"))), structure(c(0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0), .Dim = c(2L, 
4L), .Dimnames = list(NULL, c("TotalSNP", "HighSNP", "ModerateSNP", 
"PromotorSNP"))))

Rozmiar macierzy może się różnić, zawsze są to 4 kolumny, ale liczba wierszy może się różnić od 0 wierszy do 10.