Ich bin ganz neu in R und steckte auf eine Frage. Wäre es möglich, eine Heatmap auf einen Eckpunkt in zu drucken?iGraph? Ich weiß, dass ich ein farbiges Quadrat oder einen farbigen Kreis machen kann. Aber wäre eine kleine Heatmap möglich? Dies ist der Code, der mein aktuelles Diagramm zeichnet:

    # create graph
graph <- graph.data.frame(network[,1:2])
vertex_names <- get.vertex.attribute(graph,"name")


# define node attributes
V(graph)$label.font <- 1
V(graph)$label.font[which(element_types[vertex_names,"type"]=="PRIMARIES")] <- 2
V(graph)$label.font[which(element_types[vertex_names,"type"]=="REACTION")] <- 2

V(graph)$label <- element_types[vertex_names,"label"]
V(graph)$color <- element_types[vertex_names,"color"]
V(graph)$size <- as.integer(element_types[vertex_names,"size"]*20)
V(graph)$label.cex <- element_types[vertex_names,"weight"]

V(graph)$frame.color <- "gray"
V(graph)$frame.color[which(element_types[vertex_names,"type"]=="PRIMARIES")] <- "white"
V(graph)$frame.color[which(element_types[vertex_names,"type"]=="PATHWAY")] <- "white"
V(graph)$frame.color[which(element_types[vertex_names,"type"]=="PRODUCTS")] <- "white"
V(graph)$frame.width <- 10

V(graph)$shape <- "square"
V(graph)$shape[which(element_types[vertex_names,"type"]=="REACTION")] <- "circle"

V(graph)$label.color <- "black"
V(graph)$label.color[which(element_types[vertex_names,"type"]=="PRIMARIES")] <- "darkred"
V(graph)$label.color[which(element_types[vertex_names,"type"]=="PATHWAY")] <- "darkgreen"
V(graph)$label.color[which(element_types[vertex_names,"type"]=="REACTION")] <- "darkorange3"

E(graph)$color <- "red"
E(graph)$color[which(network[,3]=="out")] <- "blue"
E(graph)$color[which(network[,3]=="external")] <- "darkgreen"
E(graph)$arrow.size <- 0.5

layout <- layout.auto(graph)
plot.igraph(graph,layout=layout,main=pathways[pathway_id,"COMMON-NAME"])

Außerdem habe ich Matrizen in einer Liste, die in eine Heatmap gezeichnet werden können. Diese Matrizen sehen folgendermaßen aus:

[[1]]
     TotalSNP HighSNP ModerateSNP PromotorSNP
[1,]        1       0           0           1
[2,]        3       0           2           1
[3,]        5       0           2           3
[4,]        1       0           0           1
[5,]        7       0           4           3
[6,]        3       0           3           0
[7,]        4       0           1           3
[8,]        3       0           2           1

[[2]]
     TotalSNP HighSNP ModerateSNP PromotorSNP
[1,]        3       0           1           2
[2,]        0       0           0           0

[[3]]
     TotalSNP HighSNP ModerateSNP PromotorSNP
[1,]        0       0           0           0
[2,]        0       0           0           0

Weiß jemand, ob es möglich ist, diese Matrizen als Heatmaps auf dem Vertex zu zeichnen?

Beispieldaten:

    FinalList <- list(structure(c(1, 3, 5, 1, 7, 3, 4, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 
0, 0, 2, 2, 0, 4, 3, 1, 2, 1, 1, 3, 1, 3, 0, 3, 1), .Dim = c(8L, 
4L), .Dimnames = list(NULL, c("TotalSNP", "HighSNP", "ModerateSNP", 
"PromotorSNP"))), structure(c(3, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0), .Dim = c(2L, 
4L), .Dimnames = list(NULL, c("TotalSNP", "HighSNP", "ModerateSNP", 
"PromotorSNP"))), structure(c(0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0), .Dim = c(2L, 
4L), .Dimnames = list(NULL, c("TotalSNP", "HighSNP", "ModerateSNP", 
"PromotorSNP"))))

Die Größe der Matrizen kann variieren. Es sind immer 4 Spalten, aber die Anzahl der Zeilen kann von 0 Zeilen bis 10 variieren.