Nie jestem pewien, czy jest to możliwe w git (nie znalazłem go, ale mogę używać niewłaściwego słownictwa w moich poszukiwaniach), ale warto byłoby zmodyfikować i włączyć haki jako domyślne dla wszystkich nowych repozytoriów (w mam na myśli czas tworzenia, więc nie trzeba ich dostosowywać za każdym razem, gdy tworzone jest nowe repozytorium. Wydaje się, że najłatwiej jest to zrobić, pisząc wrapper, który ustawia moje haki i chmoduje je, gdy tworzę nowe repozytorium, ale jeśli jest jakiś sposób wbudowany w git, wolałbym użyć tego zamiast mieć niepotrzebne skrypty opakowujące, jakkolwiek małe.

Wyjaśnienie skopiowane z komentarza do teraz usuniętej odpowiedzi:

Moje pytanie brzmi, czy domyślne zachowanie WSZYSTKICH nowych repozytoriów może zostać zmienione, więc nie muszą być dostosowywane w ten sam sposób za każdym razem dla każdego nowego repozytorium. Łatwą odpowiedzią jest napisanie wrappera do tworzenia i dostosowywania repozytoriów (generuje skrypty przechwytujące i chmoduje je), ale wygląda na to, że domyślne zachowanie powinno być również konfigurowalne bez konieczności tego.