Mam więc program samtools, którego chcę używać z linii cmd, konwertując jeden plik na inny. Działa tak:

bash-4.2$ samtools view filename.bam | awk '{OFS="\t"; print ">"$1"\n"$10}' - > filename.fasta

Ponieważ chcę to zautomatyzować, chciałbym zautomatyzować to za pomocą skryptu R. Wiem, że możesz użyć systemu (), aby uruchomić polecenie systemu operacyjnego, ale nie mogę go uruchomić, próbując

system(samtools view filename.bam | awk '{OFS="\t"; print ">"$1"\n"$10}' - > filename.fasta)

Czy to tylko kwestia użycia wyrażeń regularnych, aby pozbyć się spacji i rzeczy, więc system argumentów przecinka (komenda) jest czytelny? Jak mam to zrobic?

EDYTOWAĆ:

system ("widok samtools filename.bam | awk '{OFS =" .bam | awk '{OFS = "

EDIT2:

system ("widok samtools filename.bam | awk '{OFS =" ";" print ">" 1 $ "n" 10 $ ") -> filename.fasta")

awk: cmd. line:1: {OFS="    "; print ">"$1"
awk: cmd. line:1:                         ^ unterminated string
awk: cmd. line:1: {OFS="    "; print ">"$1"
awk: cmd. line:1:                         ^ syntax error
> 

EDIT3: Zwycięzcą jest:

system("samtools view filename.bam | awk '{OFS=\"\\t\"; print \">\"$1\"\\n\"$10}' -> filename.fasta")