Así que tengo este programa samtools que quiero usar desde la línea cmd, convirtiendo un archivo a otro. Funciona así:

bash-4.2$ samtools view filename.bam | awk '{OFS="\t"; print ">"$1"\n"$10}' - > filename.fasta

Como quiero automatizar esto, me gustaría automatizarlo utilizando un script R Sé que puedes usar system () para ejecutar un comando del sistema operativo, pero no puedo hacerlo funcionar intentando

system(samtools view filename.bam | awk '{OFS="\t"; print ">"$1"\n"$10}' - > filename.fasta)

¿Es solo una cuestión de usar expresiones regulares para deshacerse de espacios y cosas para que el sistema de argumento y comando comas sea legible? ¿Cómo hago esto?

EDITAR:

system ("samtools view filename.bam | awk '{OFS =" \ t "; print"> "$ 1" \ n "$ 10}' -> first_batch_1.fasta") Error: entrada inesperada en "system (" samtools ver nombre de archivo .bam | awk '{OFS = "\"

EDIT2:

sistema ("samtools ver filename.bam | awk '{OFS = \" \ t \ "; print \"> \ "$ 1 \" \ n \ "$ 10}' -> filename.fasta")

awk: cmd. line:1: {OFS="    "; print ">"$1"
awk: cmd. line:1:                         ^ unterminated string
awk: cmd. line:1: {OFS="    "; print ">"$1"
awk: cmd. line:1:                         ^ syntax error
> 

EDIT3: Y el ganador es:

system("samtools view filename.bam | awk '{OFS=\"\\t\"; print \">\"$1\"\\n\"$10}' -> filename.fasta")