Итак, у меня есть программа samtools, которую я хочу использовать из строки cmd, конвертируя один файл в другой. Это работает так:

bash-4.2$ samtools view filename.bam | awk '{OFS="\t"; print ">"$1"\n"$10}' - > filename.fasta

Поскольку я хочу автоматизировать это, я хотел бы автоматизировать это с помощью сценария R. Я знаю, что вы можете использовать system () для запуска команды ОС, но я не могу заставить ее работать, пытаясь

system(samtools view filename.bam | awk '{OFS="\t"; print ">"$1"\n"$10}' - > filename.fasta)

Это просто вопрос использования регулярных выражений, чтобы избавиться от пробелов и прочего, чтобы система аргументов (команда) с аргументами была читабельна? Как мне это сделать?

РЕДАКТИРОВАТЬ:

system("samtools view filename.bam | awk '{OFS="\t"; print ">"$1"\n"$10}' - > first_batch_1.fasta") Error: unexpected input in "system("samtools view filename.bam | awk '{OFS="\"

EDIT2:

system("samtools view filename.bam | awk '{OFS=\"\t\"; print \">\"$1\"\n\"$10}' - > filename.fasta")

awk: cmd. line:1: {OFS="    "; print ">"$1"
awk: cmd. line:1:                         ^ unterminated string
awk: cmd. line:1: {OFS="    "; print ">"$1"
awk: cmd. line:1:                         ^ syntax error
> 

EDIT3: И победитель:

system("samtools view filename.bam | awk '{OFS=\"\\t\"; print \">\"$1\"\\n\"$10}' -> filename.fasta")