Então eu tenho este programa samtools que eu quero usar da linha cmd, convertendo um arquivo para outro. Funciona assim:

bash-4.2$ samtools view filename.bam | awk '{OFS="\t"; print ">"$1"\n"$10}' - > filename.fasta

Como eu quero automatizar isso, eu gostaria de automatizá-lo usando um script R. Eu sei que você pode usar o sistema () para executar um comando do sistema operacional, mas não posso fazê-lo funcionar tentando

system(samtools view filename.bam | awk '{OFS="\t"; print ">"$1"\n"$10}' - > filename.fasta)

É apenas uma questão de usar regexes para se livrar de espaços e coisas para que o sistema de argumentos e comandos (comando) seja legível? Como eu faço isso?

EDITAR:

system ("samtools view nome_do_arquivo.bam | awk '{OFS =" \ t "; print"> "$ 1" \ n "$ 10}' -> first_batch_1.fasta") Erro: entrada inesperada em "system (" samtools view filename .bam | awk '{OFS = "\"

EDIT2:

system ("samtools view nome_do_arquivo.bam | awk '{OFS = \" \ t \ "; print \"> \ "$ 1 \" \ n \ "$ 10}' -> nome_do_arquivo.fasta")

awk: cmd. line:1: {OFS="    "; print ">"$1"
awk: cmd. line:1:                         ^ unterminated string
awk: cmd. line:1: {OFS="    "; print ">"$1"
awk: cmd. line:1:                         ^ syntax error
> 

EDIT3: E o vencedor é:

system("samtools view filename.bam | awk '{OFS=\"\\t\"; print \">\"$1\"\\n\"$10}' -> filename.fasta")