Chcę rozwiązać system ODE, w którym przez pierwsze 30 000 sekund chcę, aby jedna z moich zmiennych stanu zaczęła się od tej samej wartości początkowej. Po tych 30 000 sekundach chcę zmienić początkową wartość tej zmiennej stanu na inną i symulować system przez resztę czasu. Oto mój kod:

def ode_rhs(y, t):
    ydot[0] = -p[7]*y[0]*y[1] + p[8]*y[8] + p[9]*y[8]
    ydot[1] = -p[7]*y[0]*y[1] + p[8]*y[8]
    ydot[2] = -p[10]*y[2]*y[3] + p[11]*y[9] + p[12]*y[9]
    ydot[3] = -p[13]*y[3]*y[6] + p[14]*y[10] + p[15]*y[10] - p[10]*y[2]*y[3] + p[11]*y[9] + p[9]*y[8] - p[21]*y[3]
    ydot[4] = -p[19]*y[4]*y[5] - p[16]*y[4]*y[5] + p[17]*y[11] - p[23]*y[4] + y[7]*p[20]
    ydot[5] = -p[19]*y[4]*y[5] + p[15]*y[10] - p[16]*y[4]*y[5] + p[17]*y[11] + p[18]*y[11] + p[12]*y[9] - p[22]*y[5]
    ydot[6] = -p[13]*y[3]*y[6] + p[14]*y[10] - p[22]*y[6] - p[25]*y[6] - p[23]*y[6]
    ydot[7] = 0
    ydot[8] = p[7]*y[0]*y[1] - p[8]*y[8] - p[9]*y[8]
    ydot[9] = p[10]*y[2]*y[3] - p[11]*y[9] - p[12]*y[9] - p[21]*y[9]
    ydot[10] = p[13]*y[3]*y[6] - p[14]*y[10] - p[15]*y[10] - p[22]*y[10] - p[21]*y[10] - p[23]*y[10]
    ydot[11] = p[19]*y[4]*y[5] + p[16]*y[4]*y[5] - p[17]*y[11] - p[18]*y[11] - p[22]*y[11] - p[23]*y[11]
    ydot[12] = p[22]*y[10] + p[22]*y[11] + p[22]*y[5] + p[22]*y[6] + p[21]*y[10] + p[21]*y[3] + p[21]*y[9] + p[24]*y[13] + p[25]*y[6] + p[23]*y[10] + p[23]*y[11] + p[23]*y[4] + p[23]*y[6]
    ydot[13] = p[15]*y[10] + p[18]*y[11] - p[24]*y[13]
    return ydot

pysb.bng.generate_equations(model)
alias_model_components()
p = np.array([k.value for k in model.parameters])
ydot = np.zeros(len(model.odes))
y0 = np.zeros(len(model.odes))
y0[0:7] = p[0:7]
t = np.linspace(0.0,1000000.0,100000)
r = odeint(ode_rhs,y0,t)

Innymi słowy, chcę ustawić y0 [1] na tę samą wartość (100) za każdym razemodeint jest wywoływany przez pierwsze 30 000 sekund. Próbuję pozwolić systemowi na zrównoważenie się przez pewien czas przed wprowadzeniem sygnału do systemu. Myślałem o zrobieniu czegoś takiegoif t < 30000: y0[1] = 100 jako pierwsza linia mojegoode_rhs() funkcja, ale nie jestem pewien, czy to działa.