Piszę protokół do powtarzalnej analizy przy użyciu wewnętrznego pakietu „MyPKG”. Każdy użytkownik dostarczy własne pliki wejściowe; poza danymi wejściowymi, analizy powinny być prowadzone w tych samych warunkach. (np. abyśmy mogli wywnioskować, że różne wyniki wynikają z różnych plików wejściowych).

MyPKG jest w fazie rozwojulibrary(MyPKG) załaduje dowolną wersję, którą użytkownik skompilował w lokalnej bibliotece. Załaduje również wszelkie zależności znalezione w lokalnych bibliotekach.

Ale chcę, aby wszyscy korzystali z konkretnej wersji (MyPKG_3.14) do tej analizy, jednocześnie pozwalając na tworzenie nowszych wersji. Jeśli dobrze rozumiem, „R --vanilla” załaduje te same zależności dla wszystkich.

Kiedy skończymy, ocalimy środowisko pracy jako maszynę wirtualną, aby utrzymać stabilne odtwarzalne środowisko. Wystarczy więc rozwiązanie tymczasowe (6 miesięcy).

Wymyśliłem dwa potencjalne rozwiązania, ale nie jestem pewien, czy jedno z nich jest wystarczające.

poproś administratora serwera o zainstalowanie MyPKG_3.14 w domyślnej ścieżce R, a następnie podaj następujący kod w protokole:

R --vanilla
library(MyPKG)
....

lub

skompiluj MyPKG_3.14 w określonej bibliotece, np. lib.loc = "/home/share/lib/R/MyPKG_3.14", a następnie podaj

R --vanilla
library(MyPKG)

Czy oba te podejścia są wystarczające, aby zapewnić, że wszyscy korzystają z tej samej wersji?Czy jeden jest lepszy od drugiego?Czy mogą pojawić się inne nieprzewidziane problemy?Czy istnieje preferowana opcja standaryzacji wielu analiz?Czy powinienem dołączyć test wyjściaSessionInfo()?Czy lepiej byłoby utworzyć jedno konto na serwerze, z którego wszyscy mogliby korzystać?