Próbuję wykonać PCA na ramce danych z 5000 kolumn i 30 wierszy

Sample <- read.table(file.choose(), header=F,sep="\t")
Sample.scaled <- data.frame(apply(Sample,2,scale))
pca.Sample <- prcomp(Sample.scaled,retx=TRUE)`

Mam błąd

Error in svd(x, nu = 0) : infinite or missing values in 'x'

sum(is.na(Sample))
[1] 0

sum(is.na(Sample.scaled))
[1] 90

Próbowano zignorować wszystkie wartości nieużywane, korzystając z następujących

pca.Sample <- prcomp(na.omit(Sample.scaled),retx=TRUE)

Który daje następujący błąd

Error in svd(x, nu = 0) : 0 extent dimensions

Pojawiły się doniesienia, że ​​na.działanie wymaga podania formuły i dlatego wypróbowano poniższe

pca.Sample <- prcomp(~.,center=TRUE,scale=TRUE,Sample, na.action=na.omit)

Teraz pojawia się następujący błąd

Error in prcomp.default(x, ...) :
  cannot rescale a constant/zero column to unit variance

Pomyśl, że problem może być spowodowany tym, że „Jedna z moich kolumn danych jest stała. Wariancja stałej wynosi 0, a skalowanie dzieli się wtedy przez 0, co jest niemożliwe”.

Ale nie wiem, jak sobie z tym poradzić. Każda pomoc bardzo ceniona ....