Я пытаюсь сделать PCA на фрейме данных с 5000 столбцов и 30 строк

Sample <- read.table(file.choose(), header=F,sep="\t")
Sample.scaled <- data.frame(apply(Sample,2,scale))
pca.Sample <- prcomp(Sample.scaled,retx=TRUE)`

Получил ошибку

Error in svd(x, nu = 0) : infinite or missing values in 'x'

sum(is.na(Sample))
[1] 0

sum(is.na(Sample.scaled))
[1] 90

Пытался игнорировать все значения na с помощью следующего

pca.Sample <- prcomp(na.omit(Sample.scaled),retx=TRUE)

Что дает следующую ошибку

Error in svd(x, nu = 0) : 0 extent dimensions

Были сообщения о том, что na.action требует, чтобы формула была дана и, следовательно, попробовал ниже

pca.Sample <- prcomp(~.,center=TRUE,scale=TRUE,Sample, na.action=na.omit)

Теперь получаю следующую ошибку

Error in prcomp.default(x, ...) :
  cannot rescale a constant/zero column to unit variance

Подумайте, что проблема может быть в том, что «Один из моих столбцов данных является константой. Дисперсия константы равна 0, а масштабирование делится на 0, что невозможно».

Но не уверен, как справиться с этим. Любая помощь высоко ценится ....