Estoy tratando de hacer PCA en el marco de datos con 5000 columnas y 30 filas

Sample <- read.table(file.choose(), header=F,sep="\t")
Sample.scaled <- data.frame(apply(Sample,2,scale))
pca.Sample <- prcomp(Sample.scaled,retx=TRUE)`

Tengo el error

Error in svd(x, nu = 0) : infinite or missing values in 'x'

sum(is.na(Sample))
[1] 0

sum(is.na(Sample.scaled))
[1] 90

Intenté ignorar todos los valores de na usando lo siguiente

pca.Sample <- prcomp(na.omit(Sample.scaled),retx=TRUE)

Lo que da el siguiente error

Error in svd(x, nu = 0) : 0 extent dimensions

Hubo informes de que na.action requiere que se dé una fórmula y, por lo tanto, intente lo siguiente

pca.Sample <- prcomp(~.,center=TRUE,scale=TRUE,Sample, na.action=na.omit)

Ahora obteniendo el siguiente error

Error in prcomp.default(x, ...) :
  cannot rescale a constant/zero column to unit variance

Piense que el problema podría deberse a que "Una de mis columnas de datos es constante. La varianza de una constante es 0, y la escala se dividiría entre 0, lo que es imposible".

Pero no estoy seguro de cómo abordar esto. Cualquier ayuda muy apreciada ....