Результаты поиска по запросу "bioinformatics"
функция.
я есть огромный входной файл (типичный образец которого показан ниже какinput): > input CT1 CT2 CT3 1 chr1:200-400 chr1:250-450 chr1:400-800 2 chr1:800-970 chr2:200-500 chr1:700-870 3 chr2:300-700 chr2:600-1000 chr2:700-1400Я хочу обработать ...
Вот еще один вариант рабочего решения:
ько начал изучать Python, и здесь у меня есть отсортированный список последовательностей белков (всего 59 000 последовательностей), и некоторые из них перекрываются. Я сделал список игрушек здесь, например: ABCDE ABCDEFG ABCDEFGH ABCDEFGHIJKLMNO ...
Автоматическая загрузка нескольких файлов в R-Shiny
Я пытаюсь выяснить, как получитьdata.frame подмножество себя, а затем написать файл .csv для каждого подмножества. Я пишуshiny приложение, которое будет генерировать файлы шаблонов для различных инструментов, и мне нужно иметь возможность ...
Оказывается, что прогулки по ДНК не очень полезны на практике, но позволяют интуитивно понятную визуализацию. У меня нет его в руках, но я полагаю, что мой коллега был бы более чем рад предоставить код Matlab, используемый для генерации рисунка ниже.
ужно сгенерировать случайное блуждание на основе последовательности ДНК вируса, учитывая его последовательность пар оснований из 2 тыс. Пар оснований. Последовательность выглядит как «ATGCGTCGTAACGT». Путь должен повернуть направо для A, налево ...
вернуть
аюсь оценить уже выровненные последовательности. Пусть скажут seq1 = 'PAVKDLGAEG-ASDKGT--SHVVY----------TI-QLASTFE' seq2 = 'PAVEDLGATG-ANDKGT--LYNIYARNTEGHPRSTV-QLGSTFE'с заданными параметрами substitution matrix : blosum62 gap open penalty : ...
Я не знаю, правильно ли я понимаю, но я бы сделал что-то вроде этого (псевдокод):
вая эти входные данные: my $init_seq = "AAAAAAAAAA" #length 10 bp my $sub_rate = 0.003; my $nof_tags = 1000; my @dna = qw( A C G T );Я хочу создать: Тысяча длина-10 меток Коэффициент замещения для каждой позиции в теге составляет ...
Отличный ответ и чистый. Спасибо!
я перевариваю последовательность белка с помощью фермента (для вашего любопытства, Asp-N), который расщепляется до белков, кодируемых B или D, в последовательности, состоящей из одной буквы. Мой фактический анализ используетString#scan для ...
Топологическая сортировка в этом контексте полезна для проверки того, что граф не содержит циклов - если они действительно возникают, то это означает, что при добавлении новой записи в БД произошла ошибка, или произошла ошибка из-за неправильной репликации данных между экземплярами БД.
приложения реального мира, гдетопологическая сортировкавыполняется набольшой графикразмеры. В некоторых областях, где я представляю, вы можете найти такие примеры: биоинформатика, разрешение зависимостей, базы данных, ...
Запрос записей службы DNS для поиска имени хоста и TCP / IP
В статье оИдентификаторы науки о жизни(видетьLSID Tester, инструмент для тестирования сервисов разрешения Life Science Identifier [http://www.scfbm.org/content/3/1/2]Доктор Родерик Д.М. Учитывая LSID urn: lsid **: ubio.org **: namebank: 11815, ...
Стиль словаря заменяет несколько элементов
У меня есть большой data.frame символьных данных, которые я хочу преобразовать на основе того, что обычно называют словарем в других языках. В настоящее время я собираюсь сделать это примерно так: foo <- data.frame(snp1 = c("AA", "AG", "AA", ...