Resultados da pesquisa a pedido "bioinformatics"
Remover item da lista com base no próximo item na mesma lista
Comecei a aprender python e aqui tenho uma lista ordenada de sequências de proteínas (total de 59.000 seqüências) e algumas delas se sobrepõem. Eu fiz uma lista de brinquedos aqui, por exemplo: ABCDE ABCDEFG ABCDEFGH ABCDEFGHIJKLMNO CEST DBTSFDE ...
Como plotar posições ao longo de um gráfico cromossômico
Gostaria de gerar um gráfico representando 14 cromossomos lineares para o organismo em que trabalho, em escala, com barras coloridas em locais especificados ao longo de cada cromossomo. Idealmente, eu gostaria de usar R, pois esta é a única ...
Como traçar um gráfico genético para uma sequência de DNA, digamos ATGCCGCTGCGC?
Preciso gerar uma caminhada aleatória com base na sequência de DNA de um vírus, dada a sequência de pares de bases de 2k pares de bases. A sequência se parece com "ATGCGTCGTAACGT". O caminho deve virar à direita para um A, à esquerda para um T, ...
xiste uma função que pode calcular uma pontuação para seqüências alinhadas, considerando os parâmetros de alinhament
Tento pontuar as seqüências já alinhadas. Deixe dize seq1 = 'PAVKDLGAEG-ASDKGT--SHVVY----------TI-QLASTFE' seq2 = 'PAVEDLGATG-ANDKGT--LYNIYARNTEGHPRSTV-QLGSTFE' com os parâmetros fornecidos substitution matrix : blosum62 gap open penalty : -5 ...
Gerando sequência de DNA sintético com taxa de substituição
Dada estas entradas: my $init_seq = "AAAAAAAAAA" #length 10 bp my $sub_rate = 0.003; my $nof_tags = 1000; my @dna = qw( A C G T );Quero gerar: Um mil tags de comprimento-10 A taxa de substituição para cada posição em uma tag é 0,003 ...
Digestão de proteínas Regex
Então, estou digerindo uma sequência de proteínas com uma enzima (para sua curiosidade, Asp-N), que se quebra antes das proteínas codificadas por B ou D em uma sequência codificada de uma letra. Minha análise real usaString#scan para as capturas. ...
Exemplos de classificação topológica em grandes DAGs
Estou procurando aplicativos do mundo real onde ordenação topológica é realizado emlarge graph tamanhos. Alguns campos em que imagino que você poderia encontrar essas instâncias seriam bioinformática, resolução de dependências, bancos de dados, ...
Consultando os registros do serviço DNS para encontrar o nome do host e o TCP / IP
Em um artigo sobre oLife Science Identifiers (VejoLSID Tester, uma ferramenta para testar os serviços de resolução do Life Science Identifier [http://www.scfbm.org/content/3/1/2]), Escreveu o Dr. Roderic DM Page: Dado o LSID urn: lsid **: ...
estilo @Dictionary substitui vários itens
Tenho um data.frame grande de dados de caracteres que desejo converter com base no que é comumente chamado de dicionário em outros idioma Atualmente, eu estou fazendo isso assim: foo <- data.frame(snp1 = c("AA", "AG", "AA", "AA"), snp2 = ...
Algorithm help! Algoritmo rápido na busca de uma string com seu parceiro
Estou procurando um algoritmo rápido para fins de pesquisa em uma cadeia enorme (é uma sequência do genoma do organismo composta de centenas de milhões a bilhões de caracteres Existem apenas 4 caracteres {A, C, G, T} presentes nessa string, e ...