Resultados de la búsqueda a petición "bioinformatics"
¿Cómo trazar un gráfico de genes para una secuencia de ADN, por ejemplo ATGCCGCTGCGC?
Necesito generar una caminata aleatoria basada en la secuencia de ADN de un virus, dada su secuencia de pares de bases de 2k pares de bases. La secuencia se parece a "ATGCGTCGTAACGT". El camino debe girar a la derecha para una A, a la izquierda ...
Existe una función que pueda calcular una puntuación para secuencias alineadas dados los parámetros de alineación?
Intento puntuar las secuencias ya alineadas. Digamo seq1 = 'PAVKDLGAEG-ASDKGT--SHVVY----------TI-QLASTFE' seq2 = 'PAVEDLGATG-ANDKGT--LYNIYARNTEGHPRSTV-QLGSTFE'con los parámetros dados substitution matrix : blosum62 gap open penalty : -5 gap ...
ecuencia de ADN sintético generador con tasa de sustituci
Dados estas entradas: my $init_seq = "AAAAAAAAAA" #length 10 bp my $sub_rate = 0.003; my $nof_tags = 1000; my @dna = qw( A C G T ); Quiero generar: Mil etiquetas de longitud 10 a tasa de sustitución para cada posición en una etiqueta es ...
Digestión de proteínas Regex
Entonces, estoy digiriendo una secuencia de proteínas con una enzima (para su curiosidad, Asp-N) que escinde antes de las proteínas codificadas por B o D en una secuencia codificada de una sola letra. Mi análisis real usaString#scan para las ...
Examples for Topological Sorting on Large DAGs
Busco aplicaciones del mundo real donde clasificación topológica se realiza en grande gráfico tamaños. Algunos campos donde imagino que podría encontrar tales instancias serían bioinformática, resolución de dependencia, bases de datos, diseño ...
Consultando los registros del servicio DNS para encontrar el nombre de host y TCP / IP
En un artículo sobre elLife Science Identifiers (verLSID Tester, una herramienta para probar los servicios de resolución del Identificador de Ciencias de la Vida [http://www.scfbm.org/content/3/1/2]), El Dr. Roderic DM Page escribió: Dado la ...
Dictionary style reemplaza varios elementos
Tengo un gran data.frame de datos de caracteres que quiero convertir en función de lo que comúnmente se llama un diccionario en otros idiomas. Actualmente lo estoy haciendo así: foo <- data.frame(snp1 = c("AA", "AG", "AA", "AA"), snp2 = ...
Algorithm ayuda! Algoritmo rápido en la búsqueda de una cadena con su socio
Estoy buscando un algoritmo rápido para fines de búsqueda en una cadena enorme (es una secuencia del genoma del organismo compuesta de cientos de millones a miles de millones de caracteres). Solo hay 4 caracteres {A, C, G, T} presentes en esta ...
Scanf_s advertencia? Omite las entradas del usuario (temas: Runge-Kutta, simulación de epidemia)
Esta es mi primera publicación y tengo que admitir que soy terrible programando. Soy ese chico de la clase que se esfuerza mucho, pero parece que nunca puede entender la programación tan bien como el resto de mis compañeros de clase. Así que por ...