как использовать matchpattern (), чтобы найти определенную аминокислоту в файле с множеством последовательностей (.fasta) в R

У меня есть файл (mydata.txt), который содержит много последовательностей экзонов сFASTA [http://en.wikipedia.org/wiki/Fasta]формат. Я хочу найти стартовые ('atg') и стоповые ('taa', 'tga', 'tag') кодоны для каждой последовательности ДНК (с ...

Как вызвать модуль, написанный с помощью argparse в записной книжке iPython

все возможные дополнения словоформы (биомедицинского) слова

Я знаком со словом, происходящим и заканчивающимся из пакета тм в R.Я пытаюсь найти быстрый и грязный метод для нахождения всех вариантов данного слова (в не...

Как построить положение вдоль хромосомной графики

Я хотел бы создать график, изображающий 14 линейных хромосом для организма, над которым я работаю, в масштабе, с цветными полосами в указанных местах вдоль к...

Обработка данных

У меня есть датафрейм, который я прочитал

Чтение в файле блок за блоком, используя указанный разделитель в Python

У меня есть файл input_file.fa, ​​как это (FASTA формат):

Нахождение перекрытия в диапазонах с R

наверняка, вы могли бы, вероятно, запустить Python / ваш скрипт от имени администратора, чтобы передать ошибку разрешения, хотя

я есть программа на Фортране, и я хочу выполнить ее на python для нескольких файлов. У меня 2000 входных файлов, но в моем коде на Фортране я могу запускать ...

Как удалить строки с 0 значениями, используя R

Привет, я использую матрицу экспрессии генов, рассчитываю фрагменты для вычисления дифференциально экспрессированных генов Я хотел бы знать, как удалить строки, значения которых равны 0. Тогда мой набор данных будет компактным, и для последующего ...

, Я не уверен почему.

не сгенерировать все возможные перестановки дерева Ньюика для набора видов, данного внешней группе? Для тех, кто не знает, что такое формат дерева Ньюика, хорошее описание доступно по ...