Как построить положение вдоль хромосомной графики
Я хотел бы создать график, изображающий 14 линейных хромосом для организма, над которым я работаю, в масштабе, с цветными полосами в указанных местах вдоль каждой хромосомы. В идеале я хотел бы использовать R, поскольку это единственный язык программирования, с которым у меня есть опыт работы.
Я исследовал различные способы сделать это, например. с GenomeGraphs, но я обнаружил, что все это намного сложнее, чем то, что я хочу / отображает намного больше данных, чем то, что у меня есть (например, отображение цитогенных полос), и часто специфично для человеческих хромосом.
Все, что я по сути хочу, это 14 серых полос следующих размеров:
chromosome size
1 640851
2 947102
3 1067971
4 1200490
5 1343557
6 1418242
7 1445207
8 1472805
9 1541735
10 1687656
11 2038340
12 2271494
13 2925236
14 3291936
А затем иметь цветные отметки, изображающие около 150 мест, разбросанных по длине хромосомы. например отметки в этих локусах:
Chromosome Position
3 817702
12 1556936
13 1131566
В идеале я также хотел бы иметь возможность указать несколько разных цветов в зависимости от местоположения, например,
Chromosome Position Type
3 817702 A
12 1556936 A
13 1131566 A
5 1041685 B
11 488717 B
14 1776463 B
Например, где «А» было отмечено синим цветом, а «В» - зеленым.
График, очень похожий на то, что я хотел бы сделать, вставлен в это изображение (из Bopp et al. PlOS Genetics 2013; 9 (2): e1003293):
Кто-нибудь может порекомендовать способ сделать это? Это не обязательно должен быть пакет биоинформатики, если есть другой способ, которым я могу использовать R для генерации 14 баров определенных пропорциональных размеров с маркировкой в определенных местах вдоль баров. например Я думал об изменении простой гистограммы из ggplot2, но я не знаю, как разместить маркировку вдоль столбцов в определенных местах.