Suchergebnisse für Anfrage "bioinformatics"
Wie man ein mit argparse geschriebenes Modul in iPython-Notizbuch aufruft
Ich versuche, BioPython-Sequenzen an @ zu übergebIlya Stepanovs Implementierung des Ukkonen-Suffix-Tree-Algorithmus [https://gist.github.com/istepanov/6506508#file-lcs-py] in der Notebook-Umgebung von iPython. Ich stolpere über die argparse ...
alle möglichen Wortform-Vervollständigungen eines (biomedizinischen) Wortstamms
Ich kenne mich mit Wortstamm und Vervollständigung aus dem TM-Paket in R aus. Ich versuche eine schnelle und schmutzige Methode zu finden, um alle Varianten eines bestimmten Wortes (innerhalb eines Korpus) zu finden. Zum Beispiel möchte ich ...
Wie man Positionen entlang einer Chromosomengrafik zeichnet
Ich möchte ein Diagramm mit 14 linearen Chromosomen für den Organismus, an dem ich arbeite, mit farbigen Balken an bestimmten Stellen entlang jedes Chromosoms erstellen. Idealerweise möchte ich R verwenden, da dies die einzige Programmiersprache ...
Dataframe-Verarbeitung
Ich habe einen Datenrahmen, den ich von @ gelesen haMatch <- read.table("Match.txt", sep="", fill =T, stringsAsFactors = FALSE, quote = "", header = F) und sieht so aus: > ab V1 V2 V3 V4 V5 V6 V7 V8 V9 V10 1 Inspecting sequence ...
Blockweises Lesen der Datei mit dem angegebenen Trennzeichen in python
Ich habe eine input_file.fa-Datei wie diese FASTA [https://en.wikipedia.org/wiki/FASTA_format] Format) > header1 description data data data >header2 description more data data dataIch möchte die Datei stückweise einlesen, sodass jedes Stück ...
Finden einer Überlappung in Bereichen mit R
Ich habe zwei data.frames mit jeweils drei Spalten: chrom, start & stop, nennen wir sie BereicheA und BereicheB. Für jede Reihe von Bereichen A suche ich, welche (falls vorhanden) Reihe in Bereichen B die Bereiche A-Reihe vollständig enthält - ...