Использование файла .fasta для вычисления относительного содержания последовательностей

Так что я, будучи «нубом», совсем недавно познакомился с программированием через Perl, я все еще привыкаю ко всему этому. У меня есть файл .fasta, который я должен использовать, хотя я не уверен, смогу ли я его открыть или, если можно так ...

Regex для удаления новых строк до определенного символа

У меня есть ряд строк в файле формата:

Чтение в файле блок за блоком, используя указанный разделитель в Python

У меня есть файл input_file.fa, ​​как это (FASTA формат):

как использовать matchpattern (), чтобы найти определенную аминокислоту в файле с множеством последовательностей (.fasta) в R

У меня есть файл (mydata.txt), который содержит много последовательностей экзонов сFASTA [http://en.wikipedia.org/wiki/Fasta]формат. Я хочу найти стартовые ('atg') и стоповые ('taa', 'tga', 'tag') кодоны для каждой последовательности ДНК (с ...

парсинг файла fasta с помощью генератора (python)

Я пытаюсь проанализировать большой файл fastta и у меня возникают ошибки нехватки памяти. Будем признательны за некоторые предложения по улучшению обработки данных. В настоящее время программа правильно печатает имена, однако частично через файл ...

как использовать matchpattern (), чтобы найти определенную аминокислоту в файле с множеством последовательностей (.fasta) в R

преобразование версии с собственными целочисленными значениями для использования операций nqp (кстати, они официально не поддерживаются, код, использующий эти операции, может самопроизвольно прерываться при изменении rakudo), завершает работу программы всего за 2,9 с, из которых 0,34 с - системное время в зависимости от времени, и профилировщик оценивает около 18% от общего времени, затрачиваемого на саму «выпадение». Звучит ужасно плохо.

ошлой неделе я решил попробовать Perl6 и начал переопределять одну из моих программ. Должен сказать, что Perl6 настолько прост для объектного программирования, что очень болезненно для меня в Perl5. Моя программа должна читать и хранить большие ...

Regex для удаления новых строк до определенного символа

У меня есть ряд строк в файле формата: >HEADER_Text1 Information here, yada yada yada Some more information here, yada yada yada Even some more information here, yada yada yada >HEADER_Text2 Information here, yada yada yada Some more information ...

Преобразование FASTQ в FASTA с помощью SED / AWK

Длина последовательности файла FASTA

У меня есть следующий файл FASTA: