Resultados de la búsqueda a petición "bioinformatics"
Bash: reemplazar parte del nombre del archivo
Tengo un comando que quiero ejecutar en todos los archivos de una carpeta, y la sintaxis del comando se ve así: tophat -o <output_file> <input_file>Lo que me gustaría hacer es un script que recorra todos los archivos en una carpeta arbitraria y ...
Convertir csv a árbol Newick
Así que tengo un archivo csv donde cada línea representa datos jerárquicos en la forma: 'Filo', 'Clase', 'Orden', 'Familia', 'Género', 'Especie', 'Subespecie', 'unique_gi' Me gustaría convertir esto al clásicoFormato de árbol ...
¿Cómo puedo convertir Ensembl ID a símbolo de gen en R?
Tengo un data.frame que contiene ID de Ensembl en una columna; Me gustaría encontrar los símbolos genéticos correspondientes para los valores de esa columna y agregarlos a una nueva columna en mi marco de datos. Utilicé bioMaRt pero no pude ...
Procesando el archivo de entrada basado en la superposición de rango
Tengo un gran archivo de entrada (una muestra representativa de la cual se muestra a continuación comoinput): > input CT1 CT2 CT3 1 chr1:200-400 chr1:250-450 chr1:400-800 2 chr1:800-970 chr2:200-500 chr1:700-870 3 chr2:300-700 chr2:600-1000 ...
Organizar la salida de mi script de shell en tablas dentro del archivo de texto
Estoy trabajando con un script de shell de Unix que hace la construcción del genoma y luego crea una filogenia. Dependiendo del ensamblador del genoma que use, la salida final (la filogenia) puede cambiar. Deseo comparar los efectos del uso de ...
Encuentra regiones superpuestas y extrae el valor respectivo
¿Cómo encuentra las coordenadas superpuestas y extrae los valores seg.mean respectivos para la región superpuesta? data1 Rl pValue chr start end CNA 2 2.594433 6 129740000 129780000 gain 2 3.941399 6 130080000 130380000 gain 1 1.992114 10 ...
Cómo llamar al módulo escrito con argparse en el cuaderno iPython
Estoy tratando de pasar secuencias de BioPython aLa implementación de Ilya Stepanov del algoritmo del árbol de sufijos de Ukkonen [https://gist.github.com/istepanov/6506508#file-lcs-py]en el entorno portátil de iPython. Estoy tropezando con el ...
todas las terminaciones de formas de palabras posibles de la raíz de una palabra (biomédica)
Estoy familiarizado con la derivación de palabras y la finalización del paquete tm en R. Estoy tratando de encontrar un método rápido y sucio para encontrar todas las variantes de una palabra dada (dentro de algún corpus). Por ejemplo, me ...
Cómo trazar posiciones a lo largo de un gráfico cromosómico
Me gustaría generar una gráfica que represente 14 cromosomas lineales para el organismo en el que trabajo, a escala, con barras de colores en ubicaciones específicas a lo largo de cada cromosoma. Idealmente, me gustaría usar R ya que este es el ...
Eliminar elemento de la lista en función del siguiente elemento de la misma lista
Acabo de comenzar a aprender Python y aquí tengo una lista ordenada de secuencias de proteínas (un total de 59,000 secuencias) y algunas de ellas se superponen. He hecho una lista de juguetes aquí, por ejemplo: ABCDE ABCDEFG ABCDEFGH ...