while getopts "hd:R:" arg; do
  case $arg in
    h)
      echo "usgae" 
      ;;
    d)
      dir=$OPTARG
      ;;
    R)
      if [[ $OPTARG =~ ^[0-9]+$ ]];then
        level=$OPTARG
      else
        level=1
      fi
      ;;
    \?)
      echo "WRONG" >&2
      ;;
  esac
done

poziom odnosi się do parametru-R, katalog odnosi się do parametrów-d

kiedy wprowadzam./count.sh -R 1 -d test/ działa prawidłowo

kiedy wprowadzam./count.sh -d test/ -R 1 działa prawidłowo

ale chcę, aby działało po wprowadzeniu./count.sh -d test/ -R lub./count.sh -R -d test/

To znaczy, że chcę-R ma wartość domyślną, a sekwencja poleceń może być bardziej elastyczna.