while getopts "hd:R:" arg; do
  case $arg in
    h)
      echo "usgae" 
      ;;
    d)
      dir=$OPTARG
      ;;
    R)
      if [[ $OPTARG =~ ^[0-9]+$ ]];then
        level=$OPTARG
      else
        level=1
      fi
      ;;
    \?)
      echo "WRONG" >&2
      ;;
  esac
done

nível refere-se ao parâmetro de-R, dir refere-se a parâmetros de-d

quando eu entro./count.sh -R 1 -d test/ funciona corretamente

quando eu entro./count.sh -d test/ -R 1 funciona corretamente

mas eu quero fazer funcionar quando eu digito./count.sh -d test/ -R ou./count.sh -R -d test/

Isso significa que eu quero-R tem um valor padrão e a sequência de comandos pode ser mais flexível.