while getopts "hd:R:" arg; do
  case $arg in
    h)
      echo "usgae" 
      ;;
    d)
      dir=$OPTARG
      ;;
    R)
      if [[ $OPTARG =~ ^[0-9]+$ ]];then
        level=$OPTARG
      else
        level=1
      fi
      ;;
    \?)
      echo "WRONG" >&2
      ;;
  esac
done

nivel se refiere al parámetro de-R, dir se refiere a los parámetros de-d

cuando ingrese./count.sh -R 1 -d test/ funciona correctamente

cuando ingrese./count.sh -d test/ -R 1 funciona correctamente

pero quiero hacer que funcione cuando ingreso./count.sh -d test/ -R o./count.sh -R -d test/

Esto significa que quiero-R tiene un valor predeterminado y la secuencia de comando podría ser más flexible.