Intento puntuar las secuencias ya alineadas. Digamo

seq1 = 'PAVKDLGAEG-ASDKGT--SHVVY----------TI-QLASTFE'
seq2 = 'PAVEDLGATG-ANDKGT--LYNIYARNTEGHPRSTV-QLGSTFE'

con los parámetros dados

substitution matrix : blosum62
gap open penalty : -5
gap extension penalty : -1

Revisé el libro de cocina de biopython, pero todo lo que puedo obtener es la matriz de sustitución blogsum62, pero siento que debe haber alguien que ya haya implementado este tipo de biblioteca.

Entonces alguien puede sugerir bibliotecas o el código más corto que pueda resolver mi problema?

Thx por adelantado