Tengo un gran data.frame de datos de caracteres que quiero convertir en función de lo que comúnmente se llama un diccionario en otros idiomas.

Actualmente lo estoy haciendo así:

foo <- data.frame(snp1 = c("AA", "AG", "AA", "AA"), snp2 = c("AA", "AT", "AG", "AA"), snp3 = c(NA, "GG", "GG", "GC"), stringsAsFactors=FALSE)
foo <- replace(foo, foo == "AA", "0101")
foo <- replace(foo, foo == "AC", "0102")
foo <- replace(foo, foo == "AG", "0103")

Esto funciona bien, pero obviamente no es bonito y parece una tontería repetir elreplace declaración cada vez que quiero reemplazar un elemento en el data.frame.

Existe una mejor manera de hacer esto ya que tengo un diccionario de aproximadamente 25 pares clave / valor?