AWK: извлечь строки, если столбец в файле 1 попадает в диапазон, объявленный в двух столбцах другого файла

В настоящее время я борюсь с проблемой AWK, которую я еще не смог решить. У меня есть один огромный файл (30 ГБ) с геномными данными, который содержит список...

все возможные дополнения словоформы (биомедицинского) слова

Я знаком со словом, происходящим и заканчивающимся из пакета тм в R.Я пытаюсь найти быстрый и грязный метод для нахождения всех вариантов данного слова (в не...

Как мне изменить это на «идиоматический» Perl?

Я начинаю углубляться в Perl, но у меня возникают проблемы с написанием кода "Perl-ly" вместо написания C на Perl. Как я могу изменить следующий код, чтобы использовать больше идиом Perl, и как мне учиться идиомам? Просто объяснение того, что он ...

Отличный ответ и чистый. Спасибо!

я перевариваю последовательность белка с помощью фермента (для вашего любопытства, Asp-N), который расщепляется до белков, кодируемых B или D, в последовательности, состоящей из одной буквы. Мой фактический анализ используетString#scan для ...

 функция.

я есть огромный входной файл (типичный образец которого показан ниже какinput): > input CT1 CT2 CT3 1 chr1:200-400 chr1:250-450 chr1:400-800 2 chr1:800-970 chr2:200-500 chr1:700-870 3 chr2:300-700 chr2:600-1000 chr2:700-1400Я хочу обработать ...

Как я могу преобразовать Ensembl ID в символ гена в R?

У меня есть data.frame, содержащий идентификаторы Ensembl в одном столбце; Я хотел бы найти соответствующие генные символы для значений этого столбца и добав...

Свернуть пересекающиеся области

Алгоритм помогите! Быстрый алгоритм поиска строки с партнером

Я ищу быстрый алгоритм для поиска в огромной строке (это последовательность генома организма, состоящая из сотен миллионов миллиардов символов). В этой строке присутствует только 4 символа {A, C, G, T}, и «A» может соединяться только с «T», а ...

Как мне изменить это на «идиоматический» Perl?

Вот еще один вариант рабочего решения:

ько начал изучать Python, и здесь у меня есть отсортированный список последовательностей белков (всего 59 000 последовательностей), и некоторые из них перекрываются. Я сделал список игрушек здесь, например: ABCDE ABCDEFG ABCDEFGH ABCDEFGHIJKLMNO ...