Suchergebnisse für Anfrage "bioinformatics"

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Wie kann ich Ensembl ID in Gensymbol in R konvertieren?

Ich habe ein data.frame, das Ensembl-IDs in einer Spalte enthält. Ich möchte entsprechende Gensymbole für die Werte dieser Spalte finden und sie zu einer neuen Spalte in meinem Datenrahmen hinzufügen. Ich habe bioMaRt verwendet, aber es konnte ...

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R Fehler bei der Installation des Bioconductors - Die Leitung, die mit '<DOCTYPE html PUBLI…' beginnt, ist fehlerhaft

Ich habe Probleme bei der Installation von Bioconductor-Paketen in R. Dies ist auf MacOSX, einer Neuinstallation von R 2.15, und der Verwendung von Bioconduc...

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Wie man ein mit argparse geschriebenes Modul in iPython-Notizbuch aufruft

Ich versuche, BioPython-Sequenzen an @ zu übergebIlya Stepanovs Implementierung des Ukkonen-Suffix-Tree-Algorithmus [https://gist.github.com/istepanov/6506508#file-lcs-py] in der Notebook-Umgebung von iPython. Ich stolpere über die argparse ...

TOP-Veröffentlichungen

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wie man mit matchpattern () bestimmte Aminosäuren in einer Datei mit vielen Sequenzen (.fasta) in R findet

Ich habe eine Datei (mydata.txt), die viele Exon-Sequenzen mit enthältFasta Format. Ich möchte Start (&#39;atg&#39;) und Stop (&#39;taa&#39;, &#39;tga&#39;, ...

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Gruppierung ökologischer Daten in R

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Automatischer Download mehrerer Dateien in R-Shiny

Ich versuche herauszufinden, wie man einen bekommtdata.frame um sich selbst zu unterteilen und dann eine CSV-Datei für jede Untergruppe zu schreiben. Ich schreibe eineshiny App, die Vorlagendateien für verschiedene Instrumente generiert, und ich ...

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Convert csv zu Newick Baum

So habe ich eine CSV-Datei, in der jede Zeile hierarchische Daten in Form von "Phylum", "Class", "Order", "Family", "Genus", "Species", "Subspecies", "unique_gi" darstellt. Ich möchte dies in den klassischen @ umwandeNewick ...

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Schnittbereiche reduzieren

Ich versuche, einen Weg zu finden, um Zeilen mit sich überschneidenden Bereichen, die durch &quot;Start&quot; - und &quot;Stopp&quot; -Spalten gekennzeichnet...

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Entfernen Sie einen Teil der Zeichenfolge nach "."

Ich arbeite mit NCBI-Referenzsequenz-Zugriffsnummern wie variabel

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Blockweises Lesen der Datei mit dem angegebenen Trennzeichen in python

Ich habe eine input_file.fa-Datei wie diese FASTA [https://en.wikipedia.org/wiki/FASTA_format] Format) > header1 description data data data >header2 description more data data dataIch möchte die Datei stückweise einlesen, sodass jedes Stück ...