Resultados da pesquisa a pedido "bioinformatics"

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Encontrando sobreposição em intervalos com R

Eu tenho dois data.frames, cada um com três colunas: chrom, start & stop, vamos chamá-los de rangesA e rangesB. Para cada linha de intervalosA, estou procurando descobrir qual (se houver) linha em intervalosB contém totalmente a linha ...

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Bash: substituir parte do nome do arquivo

Eu tenho um comando que quero executar em todos os arquivos de uma pasta, e a sintaxe do comando é semelhante a esta: tophat -o <output_file> <input_file>O que eu gostaria de fazer é um script que faça um loop em todos os arquivos em uma pasta ...

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Consultando os registros do serviço DNS para encontrar o nome do host e o TCP / IP

Em um artigo sobre oLife Science Identifiers (VejoLSID Tester, uma ferramenta para testar os serviços de resolução do Life Science Identifier [http://www.scfbm.org/content/3/1/2]), Escreveu o Dr. Roderic DM Page: Dado o LSID urn: lsid **: ...

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Scanf_s warning? Ignora as entradas do usuário (tópicos: Runge-Kutta, Simulação Epidêmica)

Este é o meu primeiro post e devo admitir que sou péssimo em programação. Eu sou o cara da turma que trabalha demais, mas que parece nunca entender a programação, assim como o resto dos meus colegas de classe. Portanto, seja gentil, tentarei ...

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estilo @Dictionary substitui vários itens

Tenho um data.frame grande de dados de caracteres que desejo converter com base no que é comumente chamado de dicionário em outros idioma Atualmente, eu estou fazendo isso assim: foo <- data.frame(snp1 = c("AA", "AG", "AA", "AA"), snp2 = ...

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todas as conclusões possíveis de forma de palavra do radical de uma palavra (biomédica)

Estou familiarizado com a derivação de palavras e a conclusão do pacote tm em R. Estou tentando criar um método rápido e sujo para encontrar todas as variantes de uma determinada palavra (dentro de um corpus). Por exemplo, eu gostaria de obter ...

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xiste uma função que pode calcular uma pontuação para seqüências alinhadas, considerando os parâmetros de alinhament

Tento pontuar as seqüências já alinhadas. Deixe dize seq1 = 'PAVKDLGAEG-ASDKGT--SHVVY----------TI-QLASTFE' seq2 = 'PAVEDLGATG-ANDKGT--LYNIYARNTEGHPRSTV-QLGSTFE' com os parâmetros fornecidos substitution matrix : blosum62 gap open penalty : -5 ...

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Repetição repetida mais longa (k vezes)

Eu sei que este é um tópico um pouco batido, mas eu alcancei o limite de ajuda que posso obter do que já foi respondido.Isto é para oProblema do projeto Rosa...

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Crie um "índice" para cada elemento de um grupo com data.table

Meus dados são agrupados pelos IDs na V6 e ordenados por posição (V1: V3): dt V1 V2 V3 V4 V5 V6 1: chr1 3054233 3054733 . + ENSMUSG00000090025 2: chr1 3102016 3102125 . + ENSMUSG00000064842 3: chr1 3205901 3207317 . - ENSMUSG00000051951 4: chr1 ...

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AWK: extrair linhas se a coluna no arquivo 1 estiver dentro de um intervalo declarado em duas colunas em outro arquivo

Atualmente, estou tendo um problema com o AWK que ainda não consegui resolver. Eu tenho um arquivo enorme (30 GB) com dados genômicos que contém uma lista com posições (declaradas nas colunas 1 e 2) e uma segunda lista que contém ...