Resultados da pesquisa a pedido "bioinformatics"
Como eu gero todas as permutações possíveis da Newick Tree para um conjunto de espécies que recebem um grupo externo?
Como eu gero todas as permutações possíveis da Newick Tree para um conjunto de espécies que recebem um grupo externo? Para quem não sabe o formato da árvore Newick, uma boa descrição está ...
Exemplos de classificação topológica em grandes DAGs
Estou procurando aplicativos do mundo real onde ordenação topológica é realizado emlarge graph tamanhos. Alguns campos em que imagino que você poderia encontrar essas instâncias seriam bioinformática, resolução de dependências, bancos de dados, ...
AWK: extrair linhas se a coluna no arquivo 1 estiver dentro de um intervalo declarado em duas colunas em outro arquivo
Atualmente, estou tendo um problema com o AWK que ainda não consegui resolver. Eu tenho um arquivo enorme (30 GB) com dados genômicos que contém uma lista com posições (declaradas nas colunas 1 e 2) e uma segunda lista que contém ...
Como chamar o módulo escrito com argparse no notebook iPython
Estou tentando passar sequências de BioPython paraImplementação de Ilya Stepanov do algoritmo de árvore de sufixos de Ukkonen [https://gist.github.com/istepanov/6506508#file-lcs-py]no ambiente de notebook do iPython. Estou tropeçando no ...
Encontre regiões sobrepostas e extraia o respectivo valor
Como você encontra as coordenadas sobrepostas e extrai os respectivos valores seg.mean para a região sobreposta? data1 Rl pValue chr start end CNA 2 2.594433 6 129740000 129780000 gain 2 3.941399 6 130080000 130380000 gain 1 1.992114 10 80900000 ...
Agrupando dados ecológicos em R
Eu estou olhando para alguns dados ecológicos (dieta) e tentando descobrir como agrupar por Predator. Eu gostaria de poder extrair os dados para que eu possa...
Como plotar posições ao longo de um gráfico cromossômico
Gostaria de gerar um gráfico representando 14 cromossomos lineares para o organismo em que trabalho, em escala, com barras coloridas em locais especificados ao longo de cada cromossomo. Idealmente, eu gostaria de usar R, pois esta é a única ...
estilo @Dictionary substitui vários itens
Tenho um data.frame grande de dados de caracteres que desejo converter com base no que é comumente chamado de dicionário em outros idioma Atualmente, eu estou fazendo isso assim: foo <- data.frame(snp1 = c("AA", "AG", "AA", "AA"), snp2 = ...