Estou tentando usar o Sailfish, que usa vários arquivos fastq como argumentos, em um pipeline de ruffus. Eu executo o Sailfish usando o módulo de subprocesso em python, mas<() na chamada de subprocesso não funciona mesmo quando eu configuroshell=True.

Este é o comando que eu quero executar usando python:

sailfish quant [options] -1 <(cat sample1a.fastq sample1b.fastq) -2 <(cat sample2a.fastq sample2b.fastq) -o [output_file]

ou (preferencialmente):

sailfish quant [options] -1 <(gunzip sample1a.fastq.gz sample1b.fastq.gz) -2 <(gunzip sample2a.fastq.gz sample2b.fastq.gz) -o [output_file]

Uma generalização:

someprogram <(someprocess) <(someprocess)

Como eu faria isso em python? O subprocesso é a abordagem correta?