Несколько труб в подпроцессе
Я пытаюсь использовать Sailfish, который принимает несколько файлов fastq в качестве аргументов, в конвейере Ruffus. Я выполняю Sailfish с помощью модуля подпроцесса в Python, но<()
в вызове подпроцесса не работает даже когда я установилshell=True
.
Это команда, которую я хочу выполнить с помощью Python:
sailfish quant [options] -1 <(cat sample1a.fastq sample1b.fastq) -2 <(cat sample2a.fastq sample2b.fastq) -o [output_file]
или (предпочтительно):
sailfish quant [options] -1 <(gunzip sample1a.fastq.gz sample1b.fastq.gz) -2 <(gunzip sample2a.fastq.gz sample2b.fastq.gz) -o [output_file]
Обобщение:
someprogram <(someprocess) <(someprocess)
Как мне поступить в Python? Подпроцесс - это правильный подход?