Ich versuche, Sailfish in einer Ruffus-Pipeline zu verwenden, bei der mehrere Fastq-Dateien als Argumente verwendet werden. Ich führe Sailfish mit dem Unterprozessmodul in Python aus, aber<() im Unterprozessaufruf funktioniert nicht, auch wenn ich @ gesetzt hashell=True.

Dies ist der Befehl, den ich mit Python ausführen möchte:

sailfish quant [options] -1 <(cat sample1a.fastq sample1b.fastq) -2 <(cat sample2a.fastq sample2b.fastq) -o [output_file]

oder (vorzugsweise):

sailfish quant [options] -1 <(gunzip sample1a.fastq.gz sample1b.fastq.gz) -2 <(gunzip sample2a.fastq.gz sample2b.fastq.gz) -o [output_file]

Eine Verallgemeinerung:

someprogram <(someprocess) <(someprocess)

Wie würde ich das in Python machen? Ist Subprozess der richtige Ansatz?