Estoy tratando de usar Sailfish, que toma varios archivos fastq como argumentos, en una tubería de ruffus. Ejecuto Sailfish usando el módulo de subproceso en Python, pero<() en la llamada de subproceso no funciona incluso cuando configuroshell=True.

Este es el comando que quiero ejecutar usando python:

sailfish quant [options] -1 <(cat sample1a.fastq sample1b.fastq) -2 <(cat sample2a.fastq sample2b.fastq) -o [output_file]

o (preferiblemente):

sailfish quant [options] -1 <(gunzip sample1a.fastq.gz sample1b.fastq.gz) -2 <(gunzip sample2a.fastq.gz sample2b.fastq.gz) -o [output_file]

Una generalización:

someprogram <(someprocess) <(someprocess)

¿Cómo haría para hacer esto en Python? ¿Es el subproceso el enfoque correcto?