Kiedy dowiedziałem się, że pytonregex moduł umożliwia rozmyte dopasowanie Byłem coraz bardziej szczęśliwy, ponieważ wydawał się prostym rozwiązaniem wielu moich problemów. Ale teraz mam problem, na który nie znalazłem odpowiedzi z dokumentacji.

Jak mogę skompilować ciągi znaków na wyrażenia regularne, korzystając również z nowej funkcji wartości fuzziness?

Aby zilustrować moje zwykłe potrzeby i podać próbkę małego fragmentu kodu

import regex
f = open('liner.fa', 'r')
nosZ2f='TTCCGACTACCAAGGCAAATACTGCTTCTCGAC'
nosZ2r='AGGTCACATCAACGTCAACG'

#nini=regex.compile(nosZ2r{e<=3})

nimekiri=list(f)
pikkus=len(nimekiri)

count = 0
while (count < pikkus):
    line = nimekiri[count].rstrip('\n')
    m=regex.findall("(TTCCGACTACCAAGGCAAATACTGCTTCTCGAC){e<=3}", line)
    n=regex.findall("AGGTCACATCAACGTCAACG{e<=3}", line) 
    if bool(m) & bool(n):
        print nimekiri[count-1].rstrip('\n')
        print line
    count = count + 1

f.close()

Jak widać, wyrażenia regularne z nieostrością 3 błędów działają poprawnie. Ale musiałem ręcznie wprowadzić cały ciąg (nosZ2f / r) do findall. Nie byłem w stanie skompilować wyrażenia regularnego z błędami / błędami.

Jaka byłaby poprawna składnia zamiany ciągu znaków (linia nosZ2f / r) na wzorzec wyrażenia regularnego z niewyraźną wartością 3 błędów? (nieudana próba widoczna w komentarzu)

Możliwość użycia łańcuchów wejściowych jako źródła dla regexp byłaby krytyczna dla każdego faktycznie użytego skryptu, który mam na myśli. (nie dzieje się zbyt wiele automatyzacji w inny sposób) Więc byłbym zachwycony, gdybym mógł frex. zastąpić

m=regex.findall("(TTCCGACTACCAAGGCAAATACTGCTTCTCGAC){e<=3}", line)

z

m=regex.findall(nini, line) etc.

Lub

m=regex.findall("string{e<=3}", line)