Knitr: błąd sprawdzania pakietu R, nie znaleziono obiektu „opts_chunk”
Otrzymuję następujący błąd podczas sprawdzania mojego pakietu R
> Error: could not find function "locdata"
> Execution halted
> when running code in ‘DFSurvey.Rnw’
> ...
>
> > opts_chunk$set(cache = TRUE, fig.path = "DFSurveyImages/", dev = "pdf")
>
> When sourcing ‘DFSurvey.R’:
> Error: object 'opts_chunk' not found
> Execution halted
Yihui Xie (projektant dzianin) powiedział, że to dlatego, że w RStudio knitr nie został ustawiony jako metoda tkania plików .Rnw,https://groups.google.com/forum/?fromgroups#!topic/knitr/9672CBbc8CM. Mam zestaw knitr zarówno w narzędziach, jak i opcjach kompilacji, w pakiecie R OPIS plik, który mam:
VignetteBuilder: knitr
Suggests: knitr
w winiecie mam:
%\VignetteEngine{knitr}
%\VignetteDepends{knitr,xtable,TSP}
Kiedy używam kompilacji pdf w RStudio lub używam knit („KNITR.Rnw”), kompiluje się poprawnie. Kiedy sprawdzam pakiet, otrzymuję powyższe błędy dla każdej winiety. Nawet położyłem
require(knitr)
przed moją instrukcją opts_chunk $ set. To nie pomogło. Uruchomiłem także czek z linii poleceń i otrzymałem ten sam błąd. Dziękuję za pomoc.
Knitr to przydatny pakiet. Przeprowadzam długie symulacje w winietach, a pamięć podręczna umożliwia poprawianie błędów bez uruchamiania symulacji za każdym razem. Nie ma też problemu ze znalezieniem pliku Sweave.sty.
Tutaj jest mójsessionInfo()
> R version 3.0.0 (2013-04-03)
> Platform: x86_64-apple-darwin10.8.0 (64-bit)
>
> locale:
> [1] en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/C/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8
>
> attached base packages:
> [1] tcltk grid stats graphics grDevices utils datasets methods
> [9] base
>
> other attached packages:
> [1] DualFrame_0.5 xtable_1.7-1 TSP_1.0-7
> [4] maptools_0.8-23 lattice_0.20-15 foreign_0.8-53
> [7] spsurvey_2.5 sp_1.0-9 stringr_0.6.2
> [10] sqldf_0.4-6.4 RSQLite.extfuns_0.0.1 chron_2.3-43
> [13] gsubfn_0.6-5 proto_0.3-10 RSQLite_0.11.3
> [16] DBI_0.2-7 knitr_1.2 gpclib_1.5-5
>
> loaded via a namespace (and not attached):
> [1] deldir_0.0-22 digest_0.6.3 evaluate_0.4.3 formatR_0.7 MASS_7.3-26
> [6] rgeos_0.2-17 tools_3.0.0