Я получаю следующую ошибку при проверке пакета R

> Error: could not find function "locdata"
> Execution halted
> when running code in ‘DFSurvey.Rnw’
>   ...
> 
> > opts_chunk$set(cache = TRUE, fig.path = "DFSurveyImages/", dev = "pdf")
> 
>   When sourcing ‘DFSurvey.R’:
> Error: object 'opts_chunk' not found
> Execution halted

Yihui Xie (разработчик knitr) сказал, что это связано с тем, что в RStudio knitr не был выбран в качестве метода для создания файлов .Rnw,https://groups.google.com/forum/?fromgroups#!topic/knitr/9672CBbc8CM, Я установил knitr как в инструментах, так и в опциях сборки, в файле R ОПИСАНИЕ пакета R:

VignetteBuilder: knitr
Suggests: knitr

и в виньетке у меня есть:

%\VignetteEngine{knitr}
%\VignetteDepends{knitr,xtable,TSP}

Когда я использую компиляцию PDF в RStudio или использую knit ("KNITR.Rnw"), он компилируется правильно. Когда я проверяю посылку, я получаю вышеуказанные ошибки для каждой виньетки. Я даже положил

require(knitr)

перед моим оператором opts_chunk $ set. Это не помогло. Я также запустил проверку из командной строки и получил ту же ошибку. Спасибо за любую помощь.

Knitr - полезный пакет. Я запускаю длинные симуляции в виньетках, и кеш позволяет исправлять ошибки, не запуская симуляции каждый раз. У него также нет проблемы с попыткой найти файл Sweave.sty.

Вот мойsessionInfo()

> R version 3.0.0 (2013-04-03)
> Platform: x86_64-apple-darwin10.8.0 (64-bit)
> 
> locale:
> [1] en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/C/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8
> 
> attached base packages:
> [1] tcltk     grid      stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods  
> [9] base     
> 
> other attached packages:
>  [1] DualFrame_0.5         xtable_1.7-1          TSP_1.0-7            
>  [4] maptools_0.8-23       lattice_0.20-15       foreign_0.8-53       
>  [7] spsurvey_2.5          sp_1.0-9              stringr_0.6.2        
> [10] sqldf_0.4-6.4         RSQLite.extfuns_0.0.1 chron_2.3-43         
> [13] gsubfn_0.6-5          proto_0.3-10          RSQLite_0.11.3       
> [16] DBI_0.2-7             knitr_1.2             gpclib_1.5-5         
> 
> loaded via a namespace (and not attached):
> [1] deldir_0.0-22  digest_0.6.3   evaluate_0.4.3 formatR_0.7    MASS_7.3-26   
> [6] rgeos_0.2-17   tools_3.0.0