Przekazując brakujące wartości do ggplot, jest to bardzo miłe i ostrzega nas, że są obecne. Jest to akceptowalne w sesji interaktywnej, ale podczas pisania raportów wyjście nie jest zaśmiecone ostrzeżeniami, zwłaszcza jeśli jest ich wiele. W poniższym przykładzie brakuje jednej etykiety, która generuje ostrzeżenie.

library(ggplot2)
library(reshape2)
mydf <- data.frame(
  species = sample(c("A", "B"), 100, replace = TRUE), 
  lvl = factor(sample(1:3, 100, replace = TRUE))
)
labs <- melt(with(mydf, table(species, lvl)))
names(labs) <- c("species", "lvl", "value")
labs[3, "value"] <- NA
ggplot(mydf, aes(x = species)) + 
   stat_bin() + 
   geom_text(data = labs, aes(x = species, y = value, label = value, vjust = -0.5)) +
   facet_wrap(~ lvl)

Jeśli zawijamysuppressWarnings wokół ostatniego wyrażenia otrzymujemy podsumowanie, ile było ostrzeżeń. Dla argumentu powiedzmy, że nie jest to dopuszczalne (ale jest naprawdę bardzo uczciwe i poprawne). Jak (całkowicie) stłumić ostrzeżenia podczas drukowania obiektu ggplot2?