Mam kilka pytań dotyczących skryptów bash.

Mam plik (file_in.txt) zawierający te nazwy

aphid_splitseq.1.fasta.annot.xml
aphid_splitseq.2.fasta.annot.xml
aphid_splitseq.3.fasta.annot.xml
aphid_splitseq.4.fasta.annot.xml
aphid_splitseq.5.fasta.annot.xml

i mam inny plik (file_out.txt) jak te nazwy

aphid_splitseq_1
aphid_splitseq_2
aphid_splitseq_3
aphid_splitseq_4
aphid_splitseq_5

Teraz chcę takie oświadczenia

java -cp *:ext/*: es.blast2go.prog.B2GAnnotPipe -in aphid_splitseq.1.fasta.annot.xml -out results/aphid_splitseq_1 -prop b2gPipe.properties -v -annot -dat 

Zasadniczo chcę przejść przez każdy plik file_in.txt i plik_out.txt i zastąpić wartości -in i -out odpowiednio przez i i j.

Próbowałem tego w bashu .... ale nie działa. Oto jest ...

for i in `cat file_in.txt`; for j in `cat file_out.txt`; do java -cp *:ext/*: es.blast2go.prog.B2GAnnotPipe -in $i -out results/$j -prop b2gPipe.properties -v -annot -dat; done; done

Po drugie zastanawiam się, czy istnieje sposób na przekonwertowanie aphid_splitseq.1.fasta.annot.xml na aphid_splitseq_1 w bashu?

Dzięki Upendra