Tengo un par de preguntas con respecto a las escrituras de bash.

Tengo un archivo (file_in.txt) que contiene estos nombres

aphid_splitseq.1.fasta.annot.xml
aphid_splitseq.2.fasta.annot.xml
aphid_splitseq.3.fasta.annot.xml
aphid_splitseq.4.fasta.annot.xml
aphid_splitseq.5.fasta.annot.xml

y tengo otro archivo (file_out.txt) como este nombre

aphid_splitseq_1
aphid_splitseq_2
aphid_splitseq_3
aphid_splitseq_4
aphid_splitseq_5

Ahora quiero declaraciones como esta

java -cp *:ext/*: es.blast2go.prog.B2GAnnotPipe -in aphid_splitseq.1.fasta.annot.xml -out results/aphid_splitseq_1 -prop b2gPipe.properties -v -annot -dat 

Así que básicamente quiero recorrer cada uno de file_in.txt y file_out.txt y reemplazar los valores de -in -out con i y j respectivamente.

Lo he intentado en bash ... pero no parece funcionar. Aquí está...

for i in `cat file_in.txt`; for j in `cat file_out.txt`; do java -cp *:ext/*: es.blast2go.prog.B2GAnnotPipe -in $i -out results/$j -prop b2gPipe.properties -v -annot -dat; done; done

En segundo lugar, me pregunto si hay una manera de convertir afhid_splitseq.1.fasta.annot.xml a aphid_splitseq_1 en bash?

Gracias Upendra