Resultados de la búsqueda a petición "bioinformatics"
Eliminar elemento de la lista en función del siguiente elemento de la misma lista
Acabo de comenzar a aprender Python y aquí tengo una lista ordenada de secuencias de proteínas (un total de 59,000 secuencias) y algunas de ellas se superponen. He hecho una lista de juguetes aquí, por ejemplo: ABCDE ABCDEFG ABCDEFGH ...
Procesando el archivo de entrada basado en la superposición de rango
Tengo un gran archivo de entrada (una muestra representativa de la cual se muestra a continuación comoinput): > input CT1 CT2 CT3 1 chr1:200-400 chr1:250-450 chr1:400-800 2 chr1:800-970 chr2:200-500 chr1:700-870 3 chr2:300-700 chr2:600-1000 ...
¿Cómo genero todas las permutaciones posibles de Newick Tree para un conjunto de especies dado un grupo externo?
¿Cómo genero todas las permutaciones posibles de Newick Tree para un conjunto de especies dado un grupo externo? Para aquellos que no saben qué es el formato de árbol Newick, hay una buena descripción disponible ...
WinError 2 El sistema no puede encontrar el archivo especificado (Python)
Tengo un programa Fortran y quiero ejecutarlo en Python para múltiples archivos. Tengo 2000 archivos de entrada, pero en mi código Fortran solo puedo ejecutar un archivo a la vez. ¿Cómo debo llamar al programa Fortran en python? Mi ...
Lectura en archivo bloque por bloque usando el delimitador especificado en python
Tengo un archivo input_file.fa como este (FASTA [https://en.wikipedia.org/wiki/FASTA_format]formato): > header1 description data data data >header2 description more data data data Quiero leer en el archivo un fragmento a la vez, para que cada ...
Procesamiento de trama de datos
Tengo un marco de datos, que leí porMatch <- read.table("Match.txt", sep="", fill =T, stringsAsFactors = FALSE, quote = "", header = F) y se ve así: > ab V1 V2 V3 V4 V5 V6 V7 V8 V9 V10 1 Inspecting sequence ID chr1:173244300-173244500 NA NA 2 ...
Cómo trazar posiciones a lo largo de un gráfico cromosómico
Me gustaría generar una gráfica que represente 14 cromosomas lineales para el organismo en el que trabajo, a escala, con barras de colores en ubicaciones específicas a lo largo de cada cromosoma. Idealmente, me gustaría usar R ya que este es el ...
todas las terminaciones de formas de palabras posibles de la raíz de una palabra (biomédica)
Estoy familiarizado con la derivación de palabras y la finalización del paquete tm en R. Estoy tratando de encontrar un método rápido y sucio para encontrar todas las variantes de una palabra dada (dentro de algún corpus). Por ejemplo, me ...
Cómo llamar al módulo escrito con argparse en el cuaderno iPython
Estoy tratando de pasar secuencias de BioPython aLa implementación de Ilya Stepanov del algoritmo del árbol de sufijos de Ukkonen [https://gist.github.com/istepanov/6506508#file-lcs-py]en el entorno portátil de iPython. Estoy tropezando con el ...
Encuentra regiones superpuestas y extrae el valor respectivo
¿Cómo encuentra las coordenadas superpuestas y extrae los valores seg.mean respectivos para la región superpuesta? data1 Rl pValue chr start end CNA 2 2.594433 6 129740000 129780000 gain 2 3.941399 6 130080000 130380000 gain 1 1.992114 10 ...