Suchergebnisse für Anfrage "bioinformatics"
Blockweises Lesen der Datei mit dem angegebenen Trennzeichen in python
Ich habe eine input_file.fa-Datei wie diese FASTA [https://en.wikipedia.org/wiki/FASTA_format] Format) > header1 description data data data >header2 description more data data dataIch möchte die Datei stückweise einlesen, sodass jedes Stück ...
Dataframe-Verarbeitung
Ich habe einen Datenrahmen, den ich von @ gelesen haMatch <- read.table("Match.txt", sep="", fill =T, stringsAsFactors = FALSE, quote = "", header = F) und sieht so aus: > ab V1 V2 V3 V4 V5 V6 V7 V8 V9 V10 1 Inspecting sequence ...
Wie man Positionen entlang einer Chromosomengrafik zeichnet
Ich möchte ein Diagramm mit 14 linearen Chromosomen für den Organismus, an dem ich arbeite, mit farbigen Balken an bestimmten Stellen entlang jedes Chromosoms erstellen. Idealerweise möchte ich R verwenden, da dies die einzige Programmiersprache ...
alle möglichen Wortform-Vervollständigungen eines (biomedizinischen) Wortstamms
Ich kenne mich mit Wortstamm und Vervollständigung aus dem TM-Paket in R aus. Ich versuche eine schnelle und schmutzige Methode zu finden, um alle Varianten eines bestimmten Wortes (innerhalb eines Korpus) zu finden. Zum Beispiel möchte ich ...
Wie man ein mit argparse geschriebenes Modul in iPython-Notizbuch aufruft
Ich versuche, BioPython-Sequenzen an @ zu übergebIlya Stepanovs Implementierung des Ukkonen-Suffix-Tree-Algorithmus [https://gist.github.com/istepanov/6506508#file-lcs-py] in der Notebook-Umgebung von iPython. Ich stolpere über die argparse ...
Überlappende Bereiche finden und entsprechenden Wert extrahieren
Wie finden Sie die überlappenden Koordinaten und extrahieren die entsprechenden Segmentmittelwerte für den überlappenden Bereich? data1 Rl pValue chr start end CNA 2 2.594433 6 129740000 129780000 gain 2 3.941399 6 130080000 130380000 gain 1 ...
Organisieren der Ausgabe meines Shell-Skripts in Tabellen innerhalb der Textdatei
Ich arbeite mit einem Unix-Shell-Skript, das die Genomkonstruktion durchführt und dann eine Phylogenie erstellt. Je nachdem, welchen Genom-Assembler Sie verwenden, kann sich die endgültige Ausgabe (die Phylogenie) ändern. Ich möchte die ...
Wie kann ich Ensembl ID in Gensymbol in R konvertieren?
Ich habe ein data.frame, das Ensembl-IDs in einer Spalte enthält. Ich möchte entsprechende Gensymbole für die Werte dieser Spalte finden und sie zu einer neuen Spalte in meinem Datenrahmen hinzufügen. Ich habe bioMaRt verwendet, aber es konnte ...
Convert csv zu Newick Baum
So habe ich eine CSV-Datei, in der jede Zeile hierarchische Daten in Form von "Phylum", "Class", "Order", "Family", "Genus", "Species", "Subspecies", "unique_gi" darstellt. Ich möchte dies in den klassischen @ umwandeNewick ...
Bash: Ersetze einen Teil des Dateinamens
Ich habe einen Befehl, den ich für alle Dateien eines Ordners ausführen möchte, und die Syntax des Befehls sieht folgendermaßen aus: tophat -o <output_file> <input_file>Was ich tun möchte, ist ein Skript, das alle Dateien in einem beliebigen ...