Mysql phpMyadmin Timeout Question

Tengo una base de datos muy grande en Mysql. Necesito que se mantenga de esta manera. por ejemplo, son unos 300,000 registros en Innodb.

Analicé los registros en la base de datos, pero ahora necesito refinarlos convirtiendo algunos de los tipos de campo, por ejemplo, un int largo a tinyint o algo así. Cuando ejecuto esto a través de phpMyadmin, la conexión se detiene después de 6 minutos y aparece un error de tiempo de espera de conexió

Desde que php envió la solicitud a mysql, ¿no debería mysql estar haciendo lo suyo sin importar hasta que lo haga? así que, incluso si la página php agota el tiempo de espera, ¿todavía se hará? ¿O cuando se agota el tiempo de conexión, Mysql simplemente renuncia a la solicitu

Necesito ejecutar un filtro en la base de datos a través de php y quiero poder actualizar la página cada 30 segundos con los nuevos resultados que encuentra a medida que continúa su búsqueda, pero si el usuario se aleja aún me gustaría terminar la búsqueda ya que crea una tabla para ese usuario. Entonces, si ejecutan una consulta y cierran su navegador cuando vuelven, ¿habrá continuado con la búsqueda?.

Nunca trabajó con una gran base de datos como esta antes, si los usuarios realizan una búsqueda textual, sé que tomará mucho tiempo. Cualquier idea / consejo u orientación sería apreciada.

Gracia

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