wie man mit matchpattern () bestimmte Aminosäuren in einer Datei mit vielen Sequenzen (.fasta) in R findet

Ich habe eine Datei (mydata.txt), die viele Exon-Sequenzen mit enthältFasta Format. Ich möchte Start ('atg') und Stop ('taa', 'tga', ...

Sequenzlänge der FASTA-Datei

Ich habe folgende FASTA-Datei: >header1 CGCTCTCTCCATCTCTCTACCCTCTCCCTCTCTCTCGGATAGCTAGCTCTTCTTCCTCCT TCCTCCGTTTGGATCAGACGAGAGGGTATGTAGTGGTGCACCACGAGTTGGTGAAGC >header2 GGT >header3 TTATGATMeine gewünschte Ausgabe: >header1 117 >header2 3 ...

Regex, um neue Zeilen bis zu einem bestimmten Zeichen zu entfernen

Konvertieren von FASTQ nach FASTA mit SED / AWK

Ich habe Daten, die immer in Viererblöcken im folgenden Format (genannt FASTQ) vorliegen:

Blockweises Lesen der Datei mit dem angegebenen Trennzeichen in python

Ich habe eine input_file.fa-Datei wie diese FASTA [https://en.wikipedia.org/wiki/FASTA_format] Format) > header1 description data data data >header2 description more data data dataIch möchte die Datei stückweise einlesen, sodass jedes Stück ...