Ich habe ein data.frame, das Ensembl-IDs in einer Spalte enthält. Ich möchte entsprechende Gensymbole für die Werte dieser Spalte finden und sie zu einer neuen Spalte in meinem Datenrahmen hinzufügen. Ich habe bioMaRt verwendet, aber es konnte keine der Ensembl-IDs gefunden werden!

Hier sind meine Beispieldaten df[1:2,]):

row.names organism    gene
41  Homo-Sapiens ENSP00000335357
115 Homo-Sapiens ENSP00000227378

und ich möchte so etwas bekommen

row.names organism    gene         id
41  Homo-Sapiens ENSP00000335357   CDKN3
115 Homo-Sapiens ENSP00000227378   HSPA8

und hier ist mein Code:

library('biomaRt')
mart <- useDataset("hsapiens_gene_ensembl", useMart("ensembl"))
genes <- df$genes
df$id <- NA
G_list <- getBM(filters= "ensembl_gene_id", attributes= c("ensembl_gene_id",
"entrezgene", "description"),values=genes,mart= mart)

Dann bekomme ich das, wenn ich die G_list überprüfe

[1] ensembl_gene_id entrezgene      description  <0 rows> (or 0-length row.names)

So konnte ich G_list nicht zu meinem df hinzufügen! da gibt es nichts hinzuzufügen!

Danke im Voraus